CTO学院与中以合作的华东师大-海法大学转化科学与技术联合研究院和中法合作的华东师大亚欧商学院三方联合，共建中以法科技与商学创新教育联盟，开展“科技+”和“商学+”交叉学科建设，倡导建立“科技商学”，改变传统商学教育，得到清华大学、中国科学院大学、上海交通大学、浙江大学、同济大学等学术共同体的专家和学者的赞同和支持。

中国科学院曼谷创新合作中心是上海国际首席技术官学院（CTO School）的战略联盟单位。双方汲取华东师范大学和中国科学院在科技、人才和教育等方面的资源优势，以高级技术人才培养为通道、长期项目跟踪支持为合作方针，建立长期、稳定且广泛的合作项目。

华东师范大学校友会是上海国际首席技术官学院（CTO School）的战略联盟单位，双方合作开展校友课堂、产教融合项目、联合论坛等多方面的合作。

华东师范大学国家大学科技园是上海国际首席技术官学院（CTO School）的战略联盟单位。为贯彻落实《中共上海市委办公厅、上海市人民政府办公厅印发关于加快推进我市大学科技园高质量发展的指导意见的通知》和李强书记“大学科技园是上海科创中心建设的重要策源地和承载地”的指示，本着平等自愿、互惠互利、合作共赢的原则，双方一致同意合作建设“上海国际首席技术官学院产教融合研究生联合培养基地”和“华东师范大学国家大学科技园闵行基地(生命科学和智能教育方向)”。

华东师范大学软件工程学院是上海国际首席技术官学院（CTO School）的战略联盟单位。上海国际首席技术官学院委托软件工程学院开展电子信息（软件工程方向）专业硕士中以创新CTO班专项项目，发挥软件学科优势，利用先进的教学手段，为有志于将来深耕前沿科技领域的学生提供系统的信息技术创新能力和复合型技术管理菁英能力养成。